在中草药的使用过程中，大都是几味甚至十几味配伍应用。而经合理的配伍后，中药的优异功效才会反映出来，对疾病的治疗也会更全面、更彻底。那么对于中药的配伍应该怎样去掌握？面对眼前许多种药物又该如何去选择？以及在方剂应用中又应该注意的是什么？就此问题，下面分几个方面来说。
一.首先掌握中药的味和性。味和性指的是中药的味道和性质，是药物性能的重要标志。每一种药物也都同时具备了性和味，如酸、苦、甘、辛、咸五味和寒、热、温、凉四性。药物的味道还有淡、涩两种，但也只不过是程度上的差异和很难辨清的两种，因此，习惯上仍称为“五味”。药物的性质也还有一种“平”，也就是没有明显寒、热、温、凉的性质。但是，其中仍有微温、微凉的偏性，所以也并未超出四性的范畴。在性与味的关系上，因为每一种药物都具有性、味两个方面，性相同而味不同其作用也明显不同。比如同为寒性的药物，但一为辛寒、一为甘寒，辛寒者有发散表热的作用，而甘寒者则有清内热、益阴的作用，因此是两种明显不同的药物。反之，味相同而性不同其作用也有明显的区别，如辛温和辛寒等等。在中药的组方应用中，首先应掌握的即是性和味，比如风寒表征应使用辛温之性的药物，而风热表征则应使用辛寒类药物。
    二.归经。每一种疾病的发生，都有其主要的受损脏腑或者经络，采用中药也应申明它的归经和方向。中医归经理论对于中药的使用有着重要的意义，主要是有助于临床选择适宜的药物，使药的作用有明显的针对性，也就是我们常说的靶效应。归经也是药物同时具备的性能，在方剂的运用上，除了掌握四气五味外，还要掌握和理解药物的归经，也只有这样才能正确地运用药，才会使所用药物发挥最大的效能，两者不可偏颇。比如：麻黄与薄荷二者皆归肺经，但麻黄辛温，有发汗解表、宣肺平喘之功；薄荷辛凉，有疏散风热、清利头目之效。虽然二者都归肺经，又都有辛味，但也因其性一者为温，一者为凉，所以其功效也是决然不同的。如果病属风寒外束，肺气不宣而喘者，用麻黄适宜，用薄荷则不当。
    三.注意掌握应用药物的治疗方向及毒副作用的消除。在谈此题之前，首先应了解一个问题：什么是药——中药，只有一个解释，那就是只有在中医理论指导下所使用的动、植物才可称其为药。在诸多方剂中，麻黄、杏仁可为药，黄连、黄柏可为药，甚至大枣、生姜也可为药等等。没有中医基础理论的指导，这些也只可为有偏性的、或者是有毒性的物质。这就是说，在中医理论指导下，经合理组配，始可显示中药的优异性能和有利无弊的效果。这其中也体现了一个运用方式的问题。比如黄柏和知母，黄柏清热燥湿、泻火解毒，归肾、膀胱、大肠经；知母清热泻火、滋阴润燥，归肺、胃、肾经。两者结合对阴虚发热有很好的效果。问题是，两者单用，一个燥湿一个泻火，又同时有数个归经，但是，经配伍以后却药专而效。这就是在中医理论指导下，经合理的配伍而控制药物的发挥方向。再一个是某些药物的毒副作用，如吴茱萸，其性辛温有毒，但当配合清心泻火的黄连之后，其毒性（或副作用）即会被减灭或消弱。因此，可以看到在许多方剂中，只要有吴茱萸，后面必然会跟一味黄连。当然，还有许多减弱毒副作用的方法，比如炮制、煎法等等。这就是说，在运用中药时，一定要掌控它的发挥方向及毒副作用的消除，同时也一定要注意使用合理配伍后的中药。
    四.方剂的君、臣、佐、使。方剂的君、臣、佐、使反映了方剂配伍的方法和基本结构，是体现中药运用的科学手段。方剂中的君药是对主病、或者主证起主要治疗作用的药物，是方剂中的主题。臣药有两种内容，一是辅助君药对主证的治疗，加强君药的治疗效果。二是对重要兼证起主要治疗作用。佐药有三个内容：1.治疗次要兼证。2.消除或减弱君、臣药的毒性。3.某些方剂中的反佐应用，相对来说应用较少，主要运用于药物格拒证。使药则主要是起引经报使和调和诸药的作用。在所有方剂中，君药不可缺，但药味易少，量易大（针对药物自身的相关用量）。臣、佐、使药不可死板教条，某些情况下也不必俱备。另外，对于一些复方，因为是由几个基础方所组成，因此对它的分析也只是以基础方位单位，然后分清主次。如常用的清瘟败毒散等。
    在对疾病的治疗中，体现临床效果的可以说是方剂——在正确辩证基础上所产生的方剂。但是，方剂与辩证（辩病）的关系不能等同，而是主从关系。这就是说，以辩证为主，方剂为从。只有在正确辩证之后，方剂才可能产生对疾病的优异治疗效果。因此，中药方剂应依证而设。