大量广泛的使用兽药，由于选择性压力必然会使细菌耐药性增加。尤其在经济全球化的今天，耐药菌传播速度越来越快，范围越来越广。兽药的广泛使用甚至是滥用，尤其是亚剂量作促生长使用，是敏感菌大量死亡，耐药菌得以大量繁殖，促进和增强了细菌的耐药性。耐药性的产生使抗菌药的药效越来越低，使用标准的给药剂量己经不能起到防病治病的作用，必须不断加大剂量才有可能有效，这就会导致病程延长，药费增加，还可能引发并发症，导致患畜死亡率升高，有的病原菌甚至由于耐药性的作用增强了致病性，导致疾病大规模流行，极大地危害动物健康，同时也给畜牧业生产造成直接的经济损失。细菌耐药性的问题不仅影响动物疾病的防治，而且对人类的健康还有着严重的威胁。伴侣动物猫和狗葡萄球菌分离的葡萄球菌你和人类分离的耐药葡萄球菌具有相似的耐药模式，表明耐药葡萄球菌菌可以从猫和狗传递到人，引起人类的治疗失败。

　　2. 危害公共卫生

　　如果一次性摄入大量的残留物，会出现急性中毒反应(过敏、中毒)。当抗菌药物残留于肉食品中进入人体后，就使部分敏感人群致敏，产生抗体。当这些被致敏的个体再接触这些抗生素或用这些抗生素治疗时，这些抗生素就会与抗体结合生成抗原抗体复合物，发生过敏。2003年以来，“瘦肉精”(盐酸克伦特罗)中毒事件时有发生,引起了国人的普遍担心。2005年，浙江省杭州、金华、嘉兴等地相继发生6起食物中毒事件；浙江省疾控中心在送检的食物样品中测出了不同浓度的“瘦肉精”。

　　3. 影响临床用药和新药研发

　　长期接触某种药物，可使机体体液免疫和细胞免疫功能下降，以致引发各种病变，形成疑难病症，或用药时产生不明原因的毒副作用，给临床诊治带来困难。例如，维生素E被称为万能维生素，对于畜禽的生长、保育均有很重要的作用，使用的越多，引起的残留量也大，肉制品、脏器及蛋中均有较多残留。其次，药物的不合理使用会给临床治疗费用带来压力。临床致病菌耐药性的不断增加，使抗生素的药效越来越低。动物养殖过程中，发生感染性疾病时，若试用几种抗菌药物均无效，不但加大了饲养成本，更由于病程延长，影响了动物的生产性能，使养殖利润下降，甚至血本无归。同时兽药滥用给新药开发也带来压力。由于药物滥用，细菌产生耐药性的速度不断加快，耐药能力也不断加强。这使得抗菌药物的使用寿命也逐渐变短。要求不断开发新的品种以克服细菌耐药性。然而，研制新药周期长，技术要求高，资金消耗大而成功率却很低。新抗菌药开发的速度减慢，而细菌的耐药性不断加快，这必将会给人类带来巨大的危害。

　　4. 污染环境

　　动物用药以后，药物以原形或代谢物的形式随粪、尿等排泄物排除，残留于环境中。绝大多数兽药排入环境以后，仍然具有活性，会对土壤微生物、水生生物及昆虫等造成影响，尤其是驱虫药和抗菌药对环境的危害较大。这些药物通过不同的方式进入土壤和水里，这不仅促进细菌耐药性的产生，而且残留在其中的药物还会通过食物链对人和动物的健康造成危害。