在这一系列的区别中，禽流感最有与新城疫鉴别诊断意义的是：禽流感肿头肿眼、冠髯出血有坏死、腿鳞片出血、胰腺出血坏死、肾肿、法氏囊肿大出血、内脏出血；而新城疫神经症状明显有扭颈转圈现象，12指肠和盲肠扁桃体有溃疡，坏死。
　　
    流行病学：禽流感发病较快，温和型恢复后短时间内可复发，新城疫恢复后可产生较长时间的免疫力；禽流感可引起鸭鹅发病，新城疫不能。
　　
    症状：

    1、禽流感（禽流感）肿头肿眼、肉垂和鸡冠出血坏死，新城疫（新城疫）无；

    2、禽流感脚鳞有出血，新城疫无；

    3、新城疫引起的神经症状比较突出有扭颈、转圈现象，禽流感较轻；

    4、禽流感呼吸有呼噜声音突出，新城疫有被噎的咯咯声。

    病变：

    1、禽流感胸腺特别是下四对出血严重，新城疫出血较轻；

    2、禽流感肝脏表面有出血斑或点，新城疫一般无；

    3、禽流感肿头部及颈部皮下有胶冻样渗出，新城疫无；

    4、禽流感胰腺出血有坏死，新城疫无；

    5、禽流感整个气管弥漫性出血，粘液多，新城疫仅喉头出血现象多；

    6、禽流感法氏囊肿大有出血，新城疫无；

    7、禽流感肺脏有淤血水肿，新城疫一般无；
    
    8、禽流感肾脏肿大有出血，新城疫无；

    9、禽流感心脏冠状脂肪出血点发生较多，新城疫较少；胸腹部皮下及腿肌有出血斑或点，腿根部及腹部脂肪有出血点， 新城疫一般无；

    10、禽流感胃表面脂肪有出血点，新城疫一般无；禽流感腺胃基部及乳头间出血多，新城疫则腺胃乳头出血多；

    11、禽流感卵巢充血、出血严重、新城疫较轻，禽流感输卵管水肿、有白色分泌物，新城疫无；　　        

    12、新城疫嗉囊炎症较重、有粘液，禽流感较少；

    13、禽流感小肠弥漫性出血多，新城疫则小肠淋巴滤泡肿大出血多，有较大的出血点或斑，12指肠和盲肠扁桃体出血、溃疡有坏死，肠管有粗细不一变化，切开粗部肠管有黄色胶冻样分泌液。