1、鸡苗的带菌带毒现象时有发生。在西方发达国家，种鸡场对沙门氏菌和大肠杆菌的血清学检测，每月都要进行，一旦发现阳性感染即全群淘汰，以确保商品代鸡的健康。而在我国能够这样做的鸡场几乎没有，关键是成本太高淘汰不起，有点病只要能够治疗的花些钱无所谓，因为总体来说，种鸡的赢利空间还是比较大，但是，这却给商品鸡的带来饲养难度增加、用药成本居高不下等一系列隐患。
2、在市场低迷的时候，种鸡场为降低苗鸡的成本，尽量减少种鸡的防疫次数，脑脊髓炎等某些该防的病不防了，该用油苗免疫的也改为成本较低防疫效果较差的冻干苗，而这样一来，事必造成苗鸡对某些疫病的免疫力下降，养鸡的风险也就增加了许多。
3、环境的不间断污染。有这样一种现象，养鸡户在一个新地方刚开始起步时，不用怎样消毒，有的甚至不防疫也没有大问题，等到一年以后，尤其是养殖小区，无论是怎样防疫和怎样消毒，总是疫病不断。归根结底，是养殖环境的污染，尽管采取加强消毒、注射油苗等综合防治措施，但仍不能从根本上解决问题。尤其感染法氏囊炎和肾传支的鸡场，甚至鸡场闲置半年以上，等到再进鸡的时候仍然能够感染法氏囊炎病毒。由此可见病毒在鸡场中的存活时间。
4、缺乏成功的养殖经验。不少养殖户看起来规模很大，动者上万只的饲养，养殖的时间也不下十余年，但让他谈起经验却没有，不知道怎样成功或怎样失败的，只是稀里糊涂的养，赔钱赚钱都有，往往一年平均下来，赚三批陪两批，相当于一年只养了一批鸡，原来犯过的错误现在照样还犯，原来感染的鸡病照样感染，到头来只是认为自己倒霉，或者别人赔钱自己赔钱也不算额外，下一批鸡一定能赚回来。
5、药物的不规范使用。部分养殖户不注重饲养管理水平的提高和饲养环境的改善，只是一味的用药，从进鸡到出栏停药的天数寥寥无几，有病治病没病预防，细菌病用药病毒病仍然用药，一天不用药心里就感到不踏实，这样一来增加成本的同时，使鸡体的药残大大增加，无疑给人类的食品安全带来隐患，同时也增加了细菌的抗药性，无论对鸡群还是对人类的疾病治疗都产生极大的影响。这一点固然和部分养殖户的认识水平和狭隘的思想意识有关，但是个别兽医见利忘义的道德观念和部分兽药厂家对治疗范围、疗效夸大其词的宣传不能不引起我们的重视。
6、缺乏正确的养殖态度。这里并不是说拿养殖当儿戏，因为大部分养殖户养鸡都是倾其所有，甚至借钱贷款，他们有时只是想赌一把，盘算自己现在上鸡等到卖的时候应该价格不错，不去从管理上下工夫，到头来赔了钱只是埋怨市场。其实，现在的养殖业已经进入到微利时代，养殖量的普及使原来每只鸡3元多的利润已不复存在，赚钱靠的是管理，靠的是规模，两者都没有只凭算计市场，不少户是每到卖鸡的时候价格就下跌，卖完鸡价格就上扬，结果往往是批批赔钱，极大的挫伤了养殖户的积极性。
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