由于亚麻籽中富含PUFA，容易氧化酸败，为了防止脂肪酸氧化，提高鸡蛋品质，通常同时加抗氧化剂，使用较多的是天然抗氧化剂维生素E，既起到抗氧化作用，又可强化鸡蛋维生素E的营养。

亚麻籽在禽类生产中的应用，除考虑亚麻籽的营养成分外，更重要的是注意亚麻籽的毒副作用，因此在日粮中添加亚麻籽应注意亚麻籽的脱毒处理。亚麻籽中的抗营养因子主要是生氰糖苷和抗维生素B6，抗维生素B6的毒性可通过添加维生素B6来解决。生氰糖苷的毒性是由于 -糖苷酶的作用使氰化氢释放的结果。

常用的亚麻籽去毒方法有水煮法，温热处理法，酸处理-温热处理法和干热处理法。相关学者研究了不同处理方法降低亚麻籽中氰化氢含量的效果，其中微波法对氢氰酸的去除率最高，烘干法最低；溶剂法相对于微波加工法更易实现规模化生产；蒸煮法和水煮法在特殊情况下才可考虑使用。