1、发酵床时靠木屑、米糠等粉状物质吸收猪的排泄物，而猪有拱食的习惯，木屑、米糠等粉状物会因为猪拱食物进入呼吸道，易造成呼吸道疾病。

　　2、发酵后再垫料中存在着大量的霉菌毒素，猪有拱食的习惯，猪只采食霉菌毒素后，常引起免疫抑制，抵抗力下降，饲料报酬不升反降。

　　3、床面湿度必须控制在60%左右，湿度过低不利于微生物繁殖，并会导致猪发生呼吸系统疾病，而湿度过高猪寄生虫病危害严重，猪在啃食菌丝时将虫卵再次带入体内而且皮肤病危害严重。

　　4、由于猪舍时半开放式的，受外界的环境变化的影响，如何使菌种在不同的环境变化的影响，如何使菌种在不同的气候条件下都能发挥较高的效率也是一个需要解决的问题。而且单位面积饲养猪的头数过多，发酵速度就会降低，不能迅速降解、消化猪的粪尿。