农业面源污染在COD里面大概占到90%以上都是由于畜禽粪污，2014年全国饲养生猪12亿头，出栏7亿头左右，而且现在规模化养殖的速度比较快，规模化养殖 500头以上的，可以达到40%左右。规模化养殖之后，做得好可以集中处置，提高利用效率，提高产业化水平，但是如果处置不当，或者配套设施跟不上，那么 可能甚至会产生环境事件。所以这是为什么加强清洁养殖、标准化养殖，尤其是对配套设施加强建设的原因，农业部提出75%以上的规模化畜禽养殖场配套建设废 弃物贮存处理利用设施。国家推行标准化规模养殖就会配备相应的财务补贴项目，由此可见2016的生猪、奶牛标准化养殖项目将会有所增加。

同时，秸秆的问题也是比较突出的。秸秆的综合利用率是76%，但是秸秆的量现在还在增加，秸秆如果不能得到有效处置，秸秆焚烧会导致环境问题。秸秆如果随意堆到河沟里、湖里，通过腐烂也会产生有害物质进入水体。因此，2016年的农业综合开发农业部专项项目中的秸秆利用项目也将会有所增加。