甲醛对大多数病原微生物包括芽孢和真菌都有较强杀灭作用，但其具有穿透力差、作用缓慢缺点，而且在低温下可生成絮状的三聚甲醛，致使杀菌力下降。甲醛溶液最常用与熏蒸消毒，其消毒作用受湿度和温度影响较大。温度越高效果越好，每升10度效果提高24倍。当温度为0时几乎没有效果，要保持在20度以上使用。（所说温度指被消毒物品表面温度，而不是客气温度，也不是使用甲醛是短时期的温度）。