使用次氯酸钠消毒要选用适宜的杀菌浓度， 谨防走入“浓度越高效果越好”的误区，因为高温、 高浓度可使其迅速衰减，影响消毒效果。
 
使用次氯酸钠消毒受水PH值的影响，水的PH 值越高，其消毒效果越差。

次氯酸钠不宜长时间贮存。受光照、 温度等因素的影响，有效氯容易挥发。 市面上有一种次氯酸钠发生器，可现利现用，能够有效地提高消毒效果。
 
使用次氯酸钠消毒， 要清除物件表面上的有机物质，因为有机物可能消耗有效氯，降低消毒效果。

次氯酸钠对金属等有腐蚀作用， 使用时要注意防腐安全。