科学、合理地使用兽药就是要求最大限度地发挥药物的预防、治疗或诊断等有益作用，同时使药物的有害作用降低到最低程度。有害作用包括对靶动物的不良反应、对动物源食品消费者的危害、对药品使用人员及环境的危害等。
使用药物治疗动物疾病的目的是使机体的病理学过程恢复到正常状态或抑制、杀灭病原体，从而保护机体的正常功能。为达此目的，必须对动物、疾病、药物三者具有全面系统的知识。动物的种属、年龄、性别，疾病的类型和病理学过程，药物的剂型、剂量和给药途径等因素均能影响药动学和药效学结果。其具体的使用原则是：
一、准确诊断，确诊后选用高效低毒的药物是合理用药的依据
当病因不明或未明确诊断不可轻易用药，切忌一见动物异常就乱用药物。在使用青霉素、链霉素、地塞米松效果不明显时，一些人往往不去分析原因，不改变思路和选择合适的药物和方剂，而是盲目地任意加大青霉素、链霉素的剂量，有时甚至超出常规用药剂量的几倍、十几倍甚至几十倍。对于不太敏感的微生物，过量使用抗生素，不但不能将其杀死或抑制，相反会使微生物增加对药物的耐受性和适应性，结果只能使动物感染性疾病更加难治。
地塞米松是激素类药物，适量应用有抗炎、抗过敏、抗毒素、抗休克等作用，但长期过量使用，能扰乱动物体内激素分泌，降低肌体免疫力，造成直接危害（如肌肉萎缩无力、骨质疏松、生长迟缓），突然停药后动物又会产生停药综合征 （如发热、软弱无力、精神沉郁、食欲不振、血糖和血压下降等），导致动物肌体产生药物依赖而不利于后期的防治。
二、"急则治其标、缓则治其本"是合理用药原则
抓住疾病的主要矛盾，综合对症与对因用药，才能使患病动物肌体尽快康复。也就是说，当动物症状严重甚至危及生命时迫切需要使用药物消除症状。例如心衰时使用强心药兴奋心肌细胞，呼吸困难时使用呼吸刺激药，腹泻时候使用止泻药。而当症状有所缓和时就应该对因治疗，消除致病的原发因子，对因治疗才是用药的根本。
三、 选择正确的给药方式，严格掌握给药剂量是合理用药的基础
不同的给药方法可影响药效出现的快慢、维持时间、药效强弱，有时还会影响药物作用性质的改变。如新霉素内服可治疗细菌性肠炎，因吸收少，肾脏中毒不明显；若肌肉注射，对肾脏毒性很大，严重的会引起死亡，故不宜肌肉注射给药。药物剂量是决定药物效应的关键因素，用药量过小不产生任何效应，用量过大会引起中毒，甚至死亡。要做到安全有效，就应该严格掌握药物剂量范围，按规定的药量、时间与次数给药。
四、合理配伍是合理用药的关键
临床常见的不合理配伍用药很多，如庆大霉素与青霉素、5%的碳酸氢钠配伍；链霉素与庆大霉素、卡那霉素配伍等。庆大霉素与青霉素、5%的碳酸氢钠配伍；链霉素与庆大霉素、卡那霉素配伍等这些不合理的配伍，既导致配伍药物失效或产生毒副作用，又无故增加了饲养者的经济负担，尤其是治疗混合感染性疾病时，庆大霉素与青霉素、5%的碳酸氢钠配伍；链霉素与庆大霉素、卡那霉素等配伍很难取得理想的效果。
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