消毒剂主要用于杀灭传播媒介上病原微生物，使其达到无害化要求，将病原微生物消灭于畜禽体外，切断传染病的传播途径，达到控制传染病的目的。
一、碱类
主要包括氢氧化钠、生石灰等，一般具有较高的消毒效果，适宜环境消毒，但有一定的刺激性及腐蚀性。价格较低。
二、氧化剂类
主要通过氧化作用来实现，但易受温度、光线的影响蒸发失效，消毒力受污物影响最大。包括：双氧水、高锰酸钾、过氧化氢等。
三、卤素类
所有卤素均具有显著的杀菌性能，氟化钠对真菌及芽孢有强大的杀菌力，1~2%的碘酊常用作皮肤消毒，碘甘油常用于黏膜的消毒。细菌芽孢比繁殖体对碘还要敏感2~8倍。卤素类易受温度、光照、蒸发等条件影响而失效。而且其消毒力受污物的影响大，需要在强酸下才有效，碱性条件下效果降低。包括：漂白粉、碘酊、氯胺等。
四、酚类
酚能抑制和杀死大部分细菌的繁殖体。真菌、病毒对石炭酸不太敏感。对位、间位、邻位甲酸的杀菌力强，混合物称三甲酚。来苏尔比酚杀菌力大4倍。酚类消毒能力较高，但具有一定的毒性、腐蚀性，污染环境，价格也较高。包括：苯酚、鱼石脂、甲酚等。
五、甲醛
甲醛可消毒排泄物、金属器具，也可用于栏舍的熏蒸，可杀菌并使毒素下降。具有刺激性、毒性，长期使用会致癌，易造成皮肤上皮细胞死亡而导致麻痹死亡，甲醛的消毒力受污物、温度、湿度影响大。包括：甲醛、戊二醛、环氧乙烷等。