益生元与益生菌只有一字之差，但它们是完全不同的物质。
　　1、益生元又称低聚糖，是指不易被消化的食品成分，通过选择性的刺激一种或几种细菌的生长与活性而对寄主产生有益的影响，从而改善寄主健康的物质，其化学本质是一些不能被消化的短链碳水化合物。它具有以下特点：
　　(1)是一种不能在上消化道被分解或吸收的糖类化合物，其进入结肠后可有选择地刺激结肠中的一种或几种有益细菌的生长，从而对宿主产生有益的作用。
　　(2)具有许多生理上的功能，如有选择性地增殖双歧杆菌，抑制有害菌的增殖，从而改善肠道微生态菌群, 促进矿物质吸。　饲料中添加一定量的益生元，可以通过肠道中有益菌的数量增加而增强动物的免疫功能。
　　2、益生菌较为专业的说，是指投入后通过改善宿主肠道菌群生态平衡而发挥有益作用，达到提高宿主(人和动物)健康水平和健康佳态的活菌制剂及其代谢产物。具有以下特点：
　　(1)可直接添加服用，以维持肠道菌群的平衡
　　(2)具有一些生理上的功能，譬如防止腹泻，增强机体免疫力。
　　3、益生元与益生菌的关系是：益生元进入肠道后对益生菌产生刺激，衍生更多的益生菌。益生菌在益生元环境下能够加强繁殖和更好地发挥作用。可见，益生元是能够产生益生菌的母体。益生元可激活机体内双歧杆菌活乳酸菌等益生菌群，对促进机体微生态平衡具有显著的所用。其区别在于：
　　(1)益生元通过胃和小肠时保持未消化状态，在结肠开始增殖有益菌和产生短链脂肪酸(SFCA),降低肠道PH值，刺激肠道蠕动和大肠液的分泌。而益生菌在胃和小肠部分是能够被消化的。所以入口的益生菌不一定全部到达肠部发挥作用。
　　(2)益生元稳定性好，可以常温下保存;益生菌存在必须低温保存，存在活性保存技术的难点。
　　(3)益生元的有效期长，更加有利于推广应用;益生菌属于特定细菌，离开必要环境会很快死亡。
　　可见，益生元的确在很多方面优越于益生菌。