（1）粗饲料的预处理：粗饲料发酵前要用机械粉碎，粉碎的粒度要有利于增加益生菌原液与粗饲料纤维素的接触面，同时也有利于益生菌原液微生物菌的繁殖生长及保持温度、湿度。一般要求粗饲料要粉碎细，但太细也不好，一般粗细度为1毫米左右为适中。
（2）粗饲料的配合比例：由于各种粗饲料化学组成不一样，而猪等畜禽生长所需的营养要全面，所以把不同类的粗饲料，按一定比例混合使营养成分互补，同时也有利于EM微生物菌群的生长繁殖以及分解纤维素、合成菌体蛋白和产生有用的中间代谢产物。如玉米秸秆含糖较多，豆秸蛋白质较多，混合发酵效果比单发酵某一种粗饲料效果好。为了补充EM有益微生物菌群的营养，提高发酵饲料的营养价值，可酌情在粗饲料原料中加入少量麸皮、淀粉类、玉米面等，也可与精饲料同时混合发酵（粗饲料比例低于50%）。
（3）益生菌原液发酵的方法：需发酵的混合好的粗饲料（或与精饲料混合后），我们称其为发酵基料，发酵时，需加益生菌原液、营养剂、水。其具体比例为：基料：益生菌原液：营养剂：水，为1000：1：1：350。先把营养剂溶开，然后再加水加益生菌原液稀释液与基料充分混合均匀，密闭发酵即可，用缸、塑料袋或水泥池子均可。注意掌握好水分，水分合适的程度是用手抓一把混合均匀的饲料，用力一握，指缝见水珠而不滴落为宜，含水量太低或太高都会使发酵失败。发酵的温度在25℃至35℃均可，夏、秋季3至5天即可发酵好；春、冬季需7至10天。发酵好的饲料有酸、甜醇香味。
（4）发酵料的饲喂：若单独发酵粗饲料，发酵好后可在喂猪料中添加30至50%。若与精料同时发酵，可直接喂用。饲喂时，不用再煮食，发酵好的饲料直接投入猪食槽内饲喂即可，饮水时可再加益生菌原液作成1000倍稀释液饮水即可。同时也可以对猪舍、粪沟进行定期喷洒益生菌原液稀释液。
（5）注意事项：用益生菌发酵技术务必不能同抗生素同时使用，发酵时一定密封发酵，发酵好的随用随取，取后立即密闭，保持密闭状态发酵好的饲料可存放三个月不变质。
3、益生菌生物菌剂在养猪业上的应用，要结合当地的粗饲料资源情况活学、活用，灵活掌握。由于益生菌原液是活性菌剂，它的各种功能只有在适宜的环境条件下才能体现，所以必须认真、细心、正确地使用，边应用边积累经验，从而摸索出适应各地区不同情况的应用技术及方法，为我国养猪业的发展做贡献。
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