饲料中药物添加剂的添加要严格按照农业部有关饲料和添加剂标准添加。对于出口的畜禽，还应根据进口国有关饲料中禁止添加的药物种类（如多种磺胺类药物、喹乙醇，抗球虫药如克球粉、球虫净等），避免在饲料中添加这些药物。
推广应用绿色饲料添加剂，如饲用酶制剂、饲用微生物制剂、酸化剂、活性多肽、寡聚糖、防霉制剂、茶多酚、大蒜素等。大量的研究表明，这些绿色饲料添加剂对畜禽、人类无害，具有很好的应用前景。目前单从使用这些绿色饲料添加剂来看，饲养成本肯定是增加的，这也是大多数养殖场主不愿使用的根本原因。但从长远看，这些绿色添加剂可以改善肠道微生物平衡，促进营养物质的吸收，增强机体免疫力，促生长提高饲料报酬，与药物添加剂相比，最突出的优点是不会引起耐药菌的产生。由于动物免疫力增强，发病几率减小，生长良好，出栏天数可能减少；耐药菌株减少，由耐药菌引起的疾病治疗费用大大降低。这样无形中使动物饲养的后续成本下降，扣除掉因为使用绿色添加剂造成的成本增加外，总的饲养成本不会增加。随着人民生活水平的提高，真正的绿色食品是受大家欢迎的，即使价格贵一些，还是有很大的市场的。
此外，添加药物的饲料和未加药物的饲料不可混放。如肉鸡生产的末期饲料内不应含药物，如果误用了其他含药物添加剂的饲料，可能造成药物残留超标。因此，更换末期料时要先彻底消除前期饲料，并清洗料桶、食槽等设备。
还应注意加强饲料保管，防止饲料受潮霉变。不允许将饲料、药品、消毒药、灭鼠药、灭蝇药或其他化学药物堆放在一起。贮存饲料的场所要尽量卫生干净，消灭苍蝇、老鼠等。不要把霉变的饲料饲喂畜禽，否则可引起动物疾病并招致有害毒素残留。盛装饲料的容器应清洁，确定无毒无害物质存在。不要随便使用盛装过工业物料、清洗过的“干净”容器贮存饲料或饮水，以免有毒有害物质缓慢地释放造成污染。
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