就目前的防控能力来看，并不能通过消毒、控制传染源等方式完全将该病毒在种猪场内清除，也不能够改变仔猪在此阶段快速生长状况，故要防控此病，减少和控制应激等诱使发病条件成为最有效的方式。
1、减少应激防控该病毒的主要方式
1.1控制环境应激
1.1.1猪场内实行封闭式生产，从分娩、保育、生长到育成均严格采用"全进全出"的饲养方式，制定和执行各项防疫制度，严格控制外来人员和外来车辆进入猪场，定期进行灭鼠、灭蝇、灭虫工作。
1.1.2加强场内环境的消毒净化工作。由于圆环病毒对普通消毒剂不敏感，消毒时应选择对猪圆环病毒效果较好的新型消毒剂，如碘制剂、吸附型活性有机氯、癸甲丙二醇氯铵复合碘等。
1.1.3加强猪舍小气候环境控制。加强猪舍通风对流，保持舍内空气的新鲜度，降低氨气浓度。
1.2控制转群与断奶应激
1.2.1尽量减少猪群转栏和混群的次数，转栏和混群的次数越多，呼吸道病的发病率越高；尽量缩小断奶日龄差异，避免将不同来源和日龄相差太大的猪只混群饲养；限制交叉哺乳，如需寄养应限制在分娩后24小时之内完成。
1.2.2尽量减少对于仔猪的注射给药
断奶后一周在饲料中添加抗应激的保健药物：银翘散、支原净等，给猪提供合适的环境条件（温度、湿度、新鲜空气等）。1.2.3发病严重的猪场，应适当延长哺乳时间，仔猪在35天以后断奶，移走母猪后，仔猪继续在原栏继续饲养30～45天后，直接转入生长育成猪舍，避开进入保育舍饲养。
1.3控制保育舍内应激
1.3.1减少在保育期间注射各种疫苗。发病期间，将五号病疫苗推迟至70天龄后注射，但应在母猪产前四周注射五号病疫苗，为防止母猪因注射疫苗产生应激，可在饮水中添加多维电解质抗应激药物。
1.3.2调整饲养密度。保持合理的饲养密度可有效控制猪呼吸道病，比只用药物预防更为有效。建议保育舍应让每头仔猪有0.35～0.4平方米的生活空间。
1.3.3保育舍猪栏之间的分隔最好采用封闭不透风的隔栏，限制仔猪直接接触；适当增加饲槽的长度，防止仔猪采食时过分拥挤。
1.4控制饲料质量带来应激
经常检查或检测饲料质量，尤其是注意霉菌毒素对免疫功能和抵抗力的影响。
1.5使用药物控制应激
可在饲料中加一定量的免疫增效剂、氨基酸和黄芪多糖。同时，为了提高猪只采食量可在每吨饲料中添加5～8千克的红糖或葡萄糖来改善饲料的适口性。
1.6防控其他疾病带来应激
在仔猪18～25天龄期间，分别注射伪狂犬、蓝耳病、猪瘟疫苗，通过疫苗的免疫注射，尽量排除能导致猪发生呼吸道疾病的病毒性原因(除猪圆环病毒外)。
2圆环病毒疫苗的使用成为防控该病的辅助、措施
目前，已经有了圆环病毒疫苗，但成本较高。圆环病毒苗分为弱毒疫苗和灭活疫苗。弱毒疫苗主要是国内厂家生产，灭活疫苗主要是进口疫苗。免疫程序：仔猪7～15日龄免疫一次，母猪产前2周免疫一次，对于灭活疫苗首免2～4周后需要加强免疫一次。
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