牛球虫病以出血性肠炎为特征。寄生于牛的球虫有10多种，主要寄生于小肠下段和整个大肠的上皮细胞内，以邱氏艾美尔球虫和牛艾美尔球虫的致病力最强且最常见。随粪便排出的球虫称为卵囊，在外界一定条件下发育成熟，且有侵袭性。
主要危害6月龄以下的犊牛，老龄牛多为带虫者。本病多发于4~9月；在潮湿、沼泽的草场上放牧易感染和发病；饲料突变，患有某种传染病或肠道线虫病，机体抵抗力降低时，易诱发此病。
潜伏期约为2~3周，有时达1个月。发病多为急性型。主要症状为腹泻、便血、精神沉郁、体温升高至40~41℃。食欲减退或废绝，贫血，消瘦，产奶量下降，粪便呈黑色，并不断由肛门流出，最后因贫血和衰弱死亡。慢性型一般在发病后3~5天逐渐好转，但下痢和贫血症状持续存在，直接影响生产发育和产奶。
诊断临床上以血便、粪便恶臭、剖检见直肠有特殊的出血性炎症和溃疡最具诊断意义；镜检粪便和直肠刮取物，发现卵囊可以确诊。
鉴别诊断
(1)球虫病多发于1个月以上的犊牛，大肠杆菌病多发于生后数日内的犊牛，且病变特征之一是脾脏肿大。
(2)慢性球虫病与副结核病有相似之处，但后者病程很长，体温不升高，粪中间或有血丝。
(3)犊牛新蛔虫等引起腹泻，可在粪便中查到特征性的虫卵。
抗球虫药物
(1)磺胺药如磺胺二甲嘧啶（SM2）、磺胺六甲氧嘧啶（SMM）、磺胺喹噁啉（SQ）等。磺胺二甲基嘧啶，每千克体重100毫克内服，每天1次，连用3天。
(2)氨丙啉，每千克体重20~25毫克内服，每天1次，连用4~5天。
(3)莫能霉素，每吨饲料20~30克拌料饲喂，连用7~10天。
(4)氯苯胍，每千克体重10毫克内服，每天1次，连用3天。
(5)呋喃唑酮（痢特灵），每千克体重7~10毫克拌水灌服，连用7天。