呼吸道是鸡进行气体交换的门户，呼吸道纤毛的摆动能清除外界环境中的病原菌，起到天然屏障的作用。应激的发生破坏了这道屏障，许多疾病会不请自来，高密度的养殖环境又易造成混合感染，家禽的呼吸道疾病往往会引起气囊炎，而在饮水、拌料和注射给药时，药物达到气囊的很少。这就是呼吸道疾病难治的主要原因。其具体的是：
一、 气候因素
春季气候干燥，忽冷忽热，各种应激因素的增多，很容易破坏鸡上呼吸道黏膜的完整性，使其排异能力下降，导致各种病原乘虚而入。
1、冬季气候变化无常，昼夜温差大，感冒多发，易造成鸡抵抗力下降；冷应激刺激鸡的呼吸道黏膜，引发水肿、充血时，病原会随之侵入而引起呼吸道症状，昼夜温差大于5 ℃时，鸡特别容易发生传支。
2、气候寒冷常导致保温与通风产生矛盾。养殖户往往为保温，而忽视了通风。这造成鸡舍内的氨气等有害气体浓度严重超标，这些有害气体会与呼吸道黏膜中的水分相结合，形成弱酸或碱性物质而导致上呼吸道黏膜清除病原体的能力降低，空气中的病原微生物及灰尘等就会黏附在呼吸道黏膜表面，引起呼吸道炎症，甚至造成混合感染。
3、冬春季气候干燥，而鸡的呼吸道黏膜是柔嫩和湿润的，这时若舍内湿度低，则鸡的呼吸道黏膜极易受损伤而发生呼吸道疾病。
二、家禽的生理特点
从家禽的解剖结构可以看出，鼻腔是呼吸道的门户，如果鼻腔黏膜受损，就会引起一系列的病变。
鸡舍温度高时，鸡为了散热就会张口呼吸，鸡呼入气体中的3/4先进入气囊，气囊是温暖而潮湿的，易发生气囊病变。气管、气囊上只有微量的血管和神经，其发病时，药物的治疗效果往往欠佳。
三、给药方式
禽类常用给药方法是饮水、拌料和注射给药。注射用药吸收较快，但费时费力，造成的应激大，所谓“一次抓鸡，三天不长”就是这个道理。
饮水和拌料给药，药物多数以扩散方式透过胃肠黏膜，被吸收进入血液而循环分布到相应部位发挥作用，由于气管、气囊上只有微量血管和神经，故运输到这些组织的药物很少，造成药物的组织分布浓度极低。药物口服后须经口、胃部到达小肠，在这个过程中，药物易受胃肠道内的多种酶和胃肠酸碱度的影响，其生物利用率明显降低。