一、滴口法
1、将球虫疫苗用凉水稀释后倒入滴瓶中，并计算好每一滴中所含球虫疫苗恰好是1羽份。
2、在滴口过程中要不断摇动滴瓶以使疫苗均匀，且应在较短时间内滴完。
二、喷料法
1、让鸡只自由采食2小时。
2、按1000羽份疫苗用500～1000毫升（一般用600毫升）的比例量取蒸馏水。
3、称取适量的饲料（约5克/只）放入料盘（100～150只/盘）中，把球虫疫苗均匀的喷洒在饲料上（喷洒时需要不时摇晃喷雾器），至少来回喷两次。
4、让鸡把喷洒好球虫疫苗的饲料于6～8小时内采食干净。
三、饮水法
1、让鸡自由采食饮水2小时后实行控水2小时。
2、将球虫疫苗稀释于够鸡1～2小时饮完的凉开水中，加入悬浮剂。
3、将疫苗定量分装饮水器中供鸡只自由饮用。
四、喷雾法
该法常用于孵化室进行1日龄小鸡喷雾免疫。
球虫活疫苗的免疫程序应根据不同的疫苗厂家、不同的垫料及鸡群健康的不同而定。一般平养鸡舍首次免疫应在1～10日龄，1羽份/只鸡，若需转群则可根据鸡群状态于转群前作第二次免疫，剂量为首免的1/5羽份。并密切注意鸡群，防止免疫失败或免疫过度。
球虫免疫效果的判定应根据鸡群免疫后的鸡群状态、粪便状态、颜色、气味等，再加上实验室镜检每克粪便所含卵囊数的多少来判定鸡群免疫是否成功。一般情况下，球虫免疫后第5～7天开始排出卵囊，第10天左右粪便会有所变化（例如：黑褐色稀便、淡红色软便等），同时在同一鸡舍内选几个点，每个点采5～10团的新鲜粪便混匀，检查、计数克粪便卵囊数。如果每个点查到的卵囊大小不一，且几个点上的卵囊数较均匀，则说明免疫成功，反之免疫可疑。
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